南京国家农创园核心区位于南京市浦口区，北靠老山国家森林公园，南依长江，交通区位便利，未来将有长江五桥、长江三桥、地铁 11 号线及 15 号线通达主城区。已形成「一核四园多基地」的总体规划构想。

「一核」指建设以科技创新、高端服务和农业及关联产业总部经济区为主要功能的科创核心区；「四园」包括以农业科技成果中试孵化为主要功能的现代花卉及园艺产业技术中试孵化园、现代特色果蔬循环农业技术中试孵化园、现代种植业及综合技术中试孵化园和现代水产业技术中试孵化园；多基地包括南京市现有各类国家级省级农业园区及在宁涉农科研院所的试验基地，基地主要对接「四园」，承担新品种新技术示范展示推广培训。「四园多基地」即多个科技成果孵化、中试、产业转化基地，包括南京长江三桥生态廊道万亩农业用地及位于栖霞区、六合区、溧水区、高淳区的多个孵化基地。

南京国家农创园将突出「科技创新驱动」功能，重点建设科创中心、孵化中心和交易中心三大板块，最大限度缩短创新链条、提升转化效率，促进产学研紧密结合。其中，科创中心规划建设 22 万平方米科技研发平台和 13 万平方米技术测试平台，在服务自身产品研发的基础上，向社会开放技术测试服务；孵化中心配套建设 6000 多亩孵化、试验基地，供园内研发企业和高校、院所等科研团队开展中试、孵化；园区项目或课题来源于产业实际需求，将无缝链接域内外推广网络和产业体系，打造成果快速转化平台。